algunos términos a tener en cuenta
través del poro proteico es guiado por otras proteínas que facilitan y ayudan en el mismo.
La molécula de ADN, al pasar por el nanoporo, produce una variación en el flujo de iones, generando un descenso en la corriente eléctrica. La magnitud del descenso en la corriente eléctrica dependerá del tamaño de la molécula y el tiempo de retención en el canal. Las bases nitrogenadas, tienen diferente estructura química y tamaño molecular. Así, cada base nitrogenada, produce un cambio particular, en la corriente eléctrica al pasar por el nanoporo, lo cual permite identificar el orden o secuencia en que ellas se encuentran en la cadena de ADN.
Antes de eso se debe mencionar que el ácido nucleico está compuesto por lo que se denominan nucleótidos, que es la estructura básica de la que componen los ácidos nucleicos. Así como en las proteínas las unidades básicas son los aminoácidos, en los ácidos nucleicos la unidad básica son los nucleótidos. Cada nucleótido está compuesto por una base nitrogenada, un azúcar y fosfato.
Las bases nitrogenadas reciben una denominación en letras mayúsculas (AGCT) y a menudo solamente se indica la letra para referirse al nucleótido correspondiente. Entonces, al informar las letras nos referimos a la secuencia en nucleótidos.
Como el ácido nucleico, el genoma del virus va a estar compuesto por nucleótidos, cada uno de estos va a tener una base nitrogenada diferente y esas se diferencian entre sí por el tamaño y algunas características químicas. Entonces, cuando cada una de estas bases va pasando a través del poro va a generar un cambio de corriente particular y característico de cada base ¿Por qué? Porque de acuerdo al tamaño puede que el tiempo de retención que tengan al pasar por poro va a ser diferente respecto a la otra.
El cambio que genere la corriente va a ser propio de cada una de las bases nitrogenadas y ese cambio se va a traducir en una señal eléctrica y va a poder determinar la posición de cada base a medida que va pasando la cadena a través del poro.
Finalmente se obtiene la secuencia, el genoma del virus que tiene alrededor de 30 mil nucleótidos. Esto nos va a permitir conocer si hay cambios (mutaciones) en la secuencia y al comparar las secuencias con bases de datos podemos identificar la variante del virus.
-¿Cuánto tarda el proceso?
El proceso desde la extracción del ácido nucleico hasta que informamos la variante, es de alrededor de cuatro a cinco días. Además del trabajo en biología molecular, hay procesamiento informático para ensamblar el genoma del virus.
¿Cuál es la capacidad que tienen como laboratorio?
Nuestra capacidad es de 24 muestras semanales ampliable a 48 muestras semanales en un corto plazo.
Anteriormente el peso de esta vigilancia lo tenía el ISP, pero después se fue ampliando a la red de laboratorios ¿Eso significa que la vigilancia genómica va a hacer más expedita? ¿Todo lo van a concentrar en la región?
La red de secuenciación genómica en la que participan las universidades y centros del país buscan justamente eso, apoyar al ISP y Minsal porque son los organismos encargados de la vigilancia genómica en el país. De hecho, todos los resultados que tengan las universidades a lo largo del país, se envían directamente al ISP y al ministerio. Esperamos contribuir a aumentar el número de secuencias realizadas semanalmente en la región de Antofagasta.
-Ustedes también están elaborando un estudio con la población migrantre en conjunto con la Centro de Control de Enfermedades de Estados Unidos (CDC) ¿cuándo comenzarían con las muestras?
Recibimos la visita de la CDC hace tres semanas, junto a miembros del Minsal y el ISP. El Ministerio de Ciencias y de Salud están impulsando el fortalecimiento de los laboratorios de secuenciación genómica en la Macrozona Norte. Como Universidad de Antofagasta nos hemos comprometido a secuenciar muestras de la Macrozona Norte, porque en Arica tampoco existe la implementación de esta técnica. Nuestro compromiso es también ayudar a implementar la técnica a la Universidad de Tarapacá.
La idea es que los laboratorios en la Macrozona Norte puedan realizar la vigilancia genómica, no solamente por la contingencia del SARS-CoV-2, sino que por lo que se pudiese venir en el futuro y pensar que regiones como Arica o Antofagasta tienen fronteras con diferentes países, somos ciudades muy conectadas, entonces es relevante contar con esta herramienta.
El trabajo de vigilancia nos permite conocer qué variantes están circulando y esto ayuda a la toma oportuna de decisiones en salud, lo que es una de las contribuciones del trabajo.
"Es importante mencionar que hemos recibido la colaboración y apoyo del Proyecto ANID-Covid N°0625, Plan aceleración impulsado por el Ministerio de Ciencias con fondos de BHP, Rectoría de la Universidad de Antofagasta, Consorcio de Genomas CoV-2, que incluye a la U. de Chile en especial al grupo del doctor Miguel Allende, a la PUC y la UMAG, a la doctora Daniela Barría Seremi de Ciencias, para la implementación de la vigilancia genómica de SARS-CoV-2 en nuestra región", agrega la doctora Galetovic como forma de agradecimiento a los que han hecho posible esta importante tarea.
-SARS-CoV-2: siglas en inglés de "Síndrome Agudo Respiratorio Severo 2", verdadero nombre del coronavirus que causa la enfermedad Covid-19.
Ácido nucleico: son macromoléculas importantes presentes en todos los seres vivos. Son muy importantes, ya que almacenan y transmiten información genética. Se dividen en dos tipos: Ácido Desoxirribonucleico (ADN) y Acido Ribonucleico (ARN).
Molécula: es una agrupación de átomos. Corresponden a las partículas más pequeñas de las sustancias.
ADN: proteína compleja que se encuentra dentro del núcleo de las células y contiene la principal fuente de información genética de los seres vivos. Tiene forma de doble cadena y se compone de azúcar (llamada desoxirrobosa, de ahí el nombre del ADN) y fosfato (sal conformada por ácido fosfórico), además de bases nitrogenadas.
ARN: tipo de ácido nucleico con una cadena simple. En palabras sencillas, permite que la información genética sea comprendida por las células. Esta información que contiene es copiada del ADN. Además, es el único material genético que tienen ciertos virus.
Nucleótido: compuesto químico, las unidades más básicas de los ácidos nucleicos. Están unidos en sus extremos para dar forma al ADN y al ARN.
Bases nitrogenadas: compuestos químicos que están presentes en los ácidos nucleicos. En el ADN existen cuatro de estos elementos, los que se representan con una letra específica: adenina (A), citosina (C), guanina (G) y timina (T).
Secuenciación genómica: técnica que permite descifrar el código genético de organismos vivos o virus. Con esto se detectan las variantes del coronavirus, por ejemplo.