Laboratorio de genómica de la UA: a la caza de las variantes del coronavirus
El recinto es el primero de la Macrozona Norte que adoptó la sofisticada técnica del nanoporo, la que permite secuenciar al SARS-CoV-2 y así identificar sus mutaciones. La directora del laboratorio, la doctora Alexandra Galetovic comenta en qué consiste y cómo es el trabajo clave para pesquisar esta nueva amenaza de la pandemia.
A mediados de agosto pasado el Instituto de Salud Pública (ISP) certificó al Laboratorio de Genómica de la Universidad de Antofagasta (UA) para así sumarse a la red de recintos que están efectuando la vigilancia genómica, esto con el objetivo de detectar las variantes del coronavirus que están circulando, como es el caso de la preocupante Delta.
Esa es la tarea del equipo que comanda la directora del laboratorio, la bioquímica y doctora Alexandra Galetovic Carabantes, quien asumió el desafío de encabezar la pesquisa de la nueva amenaza de la pandemia. Para ello, los científicos antofagastinos adoptaron el nanoporo, una sofisticada técnica de última tecnología.
-Tras la autorización del ISP para la vigilancia genómica en la región ¿Cómo se ha concentrado el trabajo?
Hemos asumido el trabajo de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 como un desafío y gran compromiso. Como universidad y como grupo de investigadores nuestro objetivo es contribuir con el trabajo que hemos venido desarrollando en la secuenciación genómica en la región. Somos el primer grupo de investigación en la Macrozona Norte, desde Arica a Copiapó, en implementar esta tecnología para ser utilizada en diagnóstico y vigilancia genómica del SARSCoV-2.
Es un trabajo que hemos venido realizando por más de un año. Ha sido arduo, pero que lo hemos asumido con mucha responsabilidad, compromiso y estamos muy contentos con lo que hemos logrado hasta ahora.
Nuestro trabajo ahora está centrado en procesar muestras que deriven de la Seremi de Salud de Antofagasta. La semana pasada recibimos siete muestras de la Seremi y el Servicio de Salud de Antofagasta, las que ya fueron secuenciadas, depositadas en GISAID (base de datos internacional de genomas de virus) y los datos enviados al Minsal e ISP.
-¿Cuántos investigadores conforman el equipo?
Lo conforman el doctor Jorge Araya del Departamento de Tecnología Médica, el doctor Benito Gómez del Departamento Biomédico, Camila Salazar magíster del Depto. Biomédico y alumnos de pregrado y postgrado de nuestra universidad.
-¿En qué consiste la técnica del nanoporo?
El virus SARS-CoV-2 es un virus de ARN. Lo que hacemos en primer lugar es extraer de las muestras nasofaríngeas el ARN lo más intacto posible, porque para esta técnica es primordial que el material esté íntegro, en muy buena calidad. Eso es importante también, la preservación de la muestra, no romper la cadena de frío, porque si la muestra está a una temperatura no adecuada puede deteriorar el material.
Luego de extraer el ARN, lo que se hace es un ADN complementario, utilizando una enzima llamada transcriptasa reversa y basándose en el ARN existente se trabaja con ese tipo de ácido nucleico: con ADN complementario.
Ahora, ¿en qué consiste la técnica de secuenciación propiamente tal? Esta es una tecnología que ha sido comercializada por Oxoford Nanopore Technologies. Se denomina también secuenciadores de tercera generación. Por efectos de la pandemia esta tecnología es más conocida y tiene aplicaciones en diferentes ámbitos.
En el norte del país no teníamos a ningún grupo de investigación trabajando con esta tecnología de secuenciación. Es la primera universidad, el primer grupo de investigación en el norte de Chile que logra implementar en corto tiempo la técnica de secuenciación con la tecnología del nanoporo.
La técnica propiamente tal consiste en el paso por poros de la molécula del ácido nucleico que se quiere secuenciar. Todo este proceso del paso del ácido nucleico a